Монгол Улсын Хүний эрхийн Үндэсний Комиссоос зохион байгуулж байгаа аливаа хяналт шалгалтын зорилго нь Монгол Улсын Үндсэн хууль, хууль, олон улсын гэрээнд заасан хүний эрх, эрх чөлөөний тухай заалтын хэрэгжилтэд хяналт тавих, шалгалтын явцад эрх, эрх чөлөө нь зөрчигдсөн нь илэрвэл зөрчлийг арилгуулах, зөрчигдсөн эрхийг сэргээн эдлүүлэх, цаашид дахин энэ төрлийн зөрчил гарахаас урьдчилан сэргийлэх, аж ахуйн нэгж, байгууллага, албан тушаалтан хүний эрхийг хангаж ажиллах үйл ажиллагааны үр нөлөөг нэмэгдүүлэх арга хэмжээг авч хэрэгжүүлэхэд чиглэнэ.

Монгол Улсын Хүний эрхийн Үндэсний Комиссын тухай хуулийн 16 дугаар зүйл, мөн хуулийн 18 дугаар зүйлийн 18.2 дах хэсэгт зааснаар Комиссын гишүүн гомдлын мөрөөр болон хүний эрх, эрх чөлөөг зөрчиж байгаа талаарх мэдээллийг үндэслэн өөрийн санаачлагаар, эсхүл аж ахуйн нэгж, байгууллага, албан тушаалтны хүсэлтээр шалгалт хийх бүрэн эрхтэй.

Комиссын гишүүн гомдлын мөрөөр шалгалт хийхтэй холбогдсон дараах бүрэн эрхийг хэрэгжүүлнэ. Үүнд:

1. Гомдол гаргагч, холбогдох аж ахуйн нэгж, байгууллага, албан тушаалтан, хувь хүнээс гомдлын талаар бичгээр тайлбар авах. Хэрвээ гомдол гаргагч нь бичиг үсэг мэдэхгүй бол амаар тайлбар авч, энэ тухай тэмдэглэл хөтөлсөн байна;
2. Гомдол гаргагч, холбогдох хүмүүсийг дуудан ирүүлэх;
3. Гомдолтой холбогдолтой асуудлаар аль ч аж ахуйн нэгж, байгууллагад саадгүй нэвтрэн орж, түүний хурал, зөвлөлгөөнд оролцох, холбогдох албан тушаалтантай биечлэн уулзах;
4. Шаардлагатай нотлох баримт, албан бичиг, мэдээллийг байгууллага, албан тушаалтнаас үнэ төлбөргүй гаргуулан авах, газар дээр нь танилцах;
5. Тусгай мэдлэг шаардагдсан тохиолдолд зохих байгууллагын шинжээчийг томилж, дүгнэлт гаргуулах;
6. Гомдлыг хянан үзэх явцад уул гомдол нь эрүү, иргэний хэрэг маргааны шинжтэй гэж үзвэл түүнийг холбогдох байгууллага, албан тушаалтанд харъяаллын дагуу шилжүүлэх;
7. Аж ахуйн нэгж, байгууллага, албан тушаалтны үйл ажиллагаанд дангаар буюу төрийн эрх бүхий байгууллага, тэдгээрийн албан тушаалтанд санал болгосны үндсэн дээр хамтран шалгалт явуулах;
8. Бүрэн эрхээ хэрэгжүүлэхдээ шаардлагатай гэж үзсэн тохиолдолд холбогдох хуульд заасан журмын дагуу төр, байгууллага, хувь хүний нууцтай танилцах